Образование всех видов рнк. Рнк. Строение и ее разнообразие. Из мо-ле-ку-лы ДНК и белка со-сто-ит

Нуклеиновые кислоты - высокомолекулярные вещества, состоящие из мононуклеотидов, которые соединены друг с другом в полимерную цепочку с помощью 3",5"- фосфодиэфирных связей и упакованы в клетках определенным образом.

Нуклеиновые кислоты - биополимеры двух разновидностей: рибонуклеиновая кислота (РНК) и дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) . Каждый биополимер состоит из нуклеотидов, различающихся по углеводному остатку (рибозе, дезоксирибозе) и одному из азотистых оснований (урацил, тимин). Соответственно этим различиям нуклеиновые кислоты и получили свое название.

Структура рибонуклеиновой кислоты

Первичная структура РНК

Молекула РНК представляют собой линейные (т. е. неразветвленные) полинуклеотиды с аналогичным ДНК принципом организации. Мономерами РНК являются нуклеотиды, состоящие из фосфорной кислоты, углевода (рибозы) и азотистого основания, соединенные 3", 5"-фосфодиэфирными связями. Полинуклеотидные цепи молекулы РНК полярны, т.е. имеют различимые 5’- и 3"-концы. При этом, в отличие от ДНК, РНК является одноцепочечной молекулой. Причиной такого отличия служат три особенности первичной структуры:

1. РНК в отличие от ДНК содержит вместо дезоксирибозы рибозу, которая имеет дополнительную гидроксигруппу. Гидроксигруппа делает двухцепочечную структуру менее компактной
2. Среди четырех главных, или мажорных, азотистых оснований (А, Г, Ц и У) вместо тимина содержится урацлл, отличающийся от тимина лишь отсутствием метильной группы в 5-м положении. Благодаря этому уменьшается сила гидрофобного взаимодействия в комплементарной паре A-У, что тоже снижает вероятность образования устойчивых двухцепочечных молекул.
3. Наконец, в РНК (особенно в тРНК) высоко содержание т. н. минорных оснований и нуклеозидов. Среди них дигидроуридин (в урациле нет одной двойной связи), псевдоуридин (урацил иначе, чем обычно, связан с рибозой), диметиладенин и диметилгуанин (в азотистых основаниях по две дополнительных метильных группы) и многие другие. Почти все эти основания не могут участвовать в комплементарных взаимодействиях. Так, метильные группы в диметиладенине (в отличие от тимина и 5-метилцитозина) находятся при таком атоме, который в паре A-У образует водородную связь; следовательно, теперь данная связь замкнуться не может. Это тоже препятствует образованию двухцепочечных молекул.

Таким образом, широко известные отличия состава РНК от ДНК имеют огромное биологическое значение: ведь свою функцию молекулы РНК способны выполнять только в одноцепочечном состоянии, что наиболее очевидно для мРНК: трудно представить, как бы могла двухцепочечная молекула транслироваться на рибосомах.

Вместе с тем, оставаясь одиночной, в некоторых участках цепь РНК может образовывать петли, выступы или "шпильки", с двухцепочечной структурой (рис.1.). Эта структура стабилизирована взаимодействием оснований в парах А::У и Г:::Ц. Однако могут образовываться и "не правильные" пары (например, Г У), а в некоторых местах "шпильки" и вообще не происходит никакого взаимодействия. В составе таких петель может содержаться (особенно в тРНК и рРНК) до 50 % всех нуклеотидов. Общее же содержание нуклеотидов в РНК варьирует от 75 единиц до многих тысяч. Но даже самые крупные РНК на несколько порядков короче хромосомных ДНК.

Первичная структура мРНК скопирована с участка ДНК, содержащего информацию о первичной структуре полипептидной цепи. Первичная структура остальных типов РНК (тРНК, рРНК, редкие РНК) является окончательной копией генетической программы соответствующих генов ДНК.

Вторичная и третичная структуры РНК

Рибонуклеиновые кислоты (РНК) - однонитевые молекулы, поэтому в отличие от ДНК их вторичная и третичная структуры нерегулярны. Эти структуры, определяемые как пространственная конформация полинуклеотидной цепи, формируются в основном за счет водородных связей и гидрофобных взаимодействий между азотистыми основаниями. Если для молекулы нативной ДНК характерна устойчивая спираль, то структура РНК более многообразна и лабильна. Рентгеноструктурный анализ показал, что отдельные участки полинуклеотидной цепи РНК, перегибаясь, навиваются сами на себя с образованием внутриспиральных структур. Стабилизация структур достигается за счет комплементарных спариваний азотистых оснований антипараллельных участков цепи; специфическими парами здесь являются А-U, G-С и, реже, G–U. Благодаря этому в молекуле РНК возникают как короткие, так и протяженные биспиральные участки, принадлежащие одной цепи; эти участки носят название шпилек. Модель вторичной структуры РНК со шпилькообразными элементами была создана в конце 50-х - начале 60-х гг. XX в. в лабораториях А. С. Спирина (Россия) и П. Доти (США).

Некоторые виды РНК
Виды РНК	Размер в нуклеотидах	Функция
gРНК - геномные РНК	10000-100000
mРНК - информационные (матричные) РНК	100-100000	передает информацию о структуре белка с молекулы ДНК
tPHK - транспортные РНК	70-90	транспортирует аминокислоты к месту синтеза белка
rРНК - рибосомные РНК	несколько дискретных классов от 100 до 500000	содержится в рибосомах, участвует в поддержании структуры рибосомы
sn-PHK - малая ядерная РНК	100	удаляет интроны и ферментативно соединяет экзоны в мРНК
sno-РНК - малая ядрышковая РНК		участвует в направлении или проведении модификаций оснований в рРНК и малой ядерной РНК, таких, как, например, метилирование и псевдоуридинизация. Большинство малых ядрышковых РНК находятся в интронах других генов
srp-РНК - сигналраспознающая РНК		распознаёт сигнальную последовательность белков, предназначенных для экспрессии, и участвует в их переносе через цитоплазматическую мембрану
mi-РНК - микро-РНК	22	контролируют трансляцию структурных генов путём комплементарного связывания с 3"-концами нетранслируемых участков иРНК

Образование спиральных структур сопровождается гипохромным эффектом - уменьшением оптической плотности образцов РНК при 260 нм. Разрушение этих структур происходит при понижении ионной силы раствора РНК или при его нагревании до 60-70 °С; оно также называется плавлением и объясняется структурным переходом спираль - хаотический клубок, что сопровождается увеличением оптической плотности раствора нуклеиновой кислоты.

В клетках существуют несколько типов РНК:

1. информационная (или матричная) РНК (иРНК или мРНК) и её предшественница - гетерогенная ядерная РНК (г-я-РНК)
2. транспортная РНК (т-РНК) и ее предшественница
3. рибосомная (р-РНК) и ее предшественница
4. малая ядерная РНК (sn-PHK)
5. малая ядрышковая РНК (sno-PHK)
6. сигналраспознающая РНК (srp-PHK)
7. микро-РНК (mi-PHK)
8. митохондриальная РНК (т+ РНК).

Гетерогенная ядерная и информационная (матричная) РНК

Гетерогенная ядерная РНК свойственна исключительно эукариотам. Она является предшественницей информационной РНК (и-РНК), которая переносит генетическую информацию от ядерной ДНК к цитоплазме. Гетерогенная ядерная РНК (пре-мРНК) открыта советским биохимиком Г. П. Георгиевым. Количество видов г-я-РНК равно количеству генов, так как она служит прямой копией кодирующих последовательностей генома, в силу чего имеет копии палиндромов ДНК, поэтому ее вторичная структура содержит шпильки и линейные участки. В процессе транскрипции РНК с ДНК ключевую роль играет фермент РНК-полимераза II.

Информационная РНК образуется в результате процессинга (созревания) г-я-РНК, при котором происходят отсечение шпилек, вырезание некодирующих участков (интронов) и склеивание кодирующих экзонов.

Информационная РНК (и-РНК) представляет собой копию определенного участка ДНК и выполняет роль переносчика генетической информации от ДНК к месту синтеза белка (рибосомы) и непосредственно участвует в сборке его молекул.

Зрелая матричная РНК имеет несколько областей с различной функциональной ролью (рис.)

• на 5"-конце находится т.н. "колпачок" или кэп - участок из одного-четырех модифицированных нуклеотидов. Такая структура защищает 5"-конец м-РНК от эндонуклеаз
• за "колпачком" идет 5"-нетранслируемая область - последовательность из нескольких десятков нуклеотидов. Она комплементрана одному из отделов той р-РНК, которая входит в малую субъединицу рибосомы. За счет этого она служит для первичного связывания м-РНК с рибосомой, но сама не транслируется
• инициирующий кодон - АУГ, кодирующий метионин. Во всех м-РНК инициирующий кодон одинаков. С него начинается трансляция (считывание) м-РНК. Если после синтеза пептидной цепи метионин не нужен, то он, как правило, отщепляется с ее N-конца.
• За инициирующим кодоном следует кодирующая часть, которая содержит информацию о последовательности аминокислот в белке. У эукариот зрелые м-РНК являются моноцистронными, т.е. каждая из них несет информацию о структуре только одной полипептидной цепи.

  Другое дело, что иногда пептидная цепь вскоре после образования на рибосоме разрезается на несколько более мелких цепей. Так бывает, например, при синтезе инсулина и целого ряда олигопептидных гормонов.

  Кодирующая часть зрелой м-РНК эукариот лишена интронов - каких-либо вставочных некодирующих последовательностей. Иными словами, имеется непрерывная последовательность смысловых кодонов, которая должна читаться в направлении 5" ->3".

• По окончании этой последовательности находится кодон терминации - один из трех "бессмысленных" кодонов: УАА, УАГ или УГА (см. табл. генетического кода ниже).
• За этим кодоном может следовать еще 3"-нетранслируемый участок, значительно превышающий по длине 5’-нетранслируемую область.
• Наконец, почти все зрелые мРНК эукариот (кроме гистоновых мРНК) на 3"-конце содержат поли(А)-фрагмент из 150-200 адениловых нуклеотидов

3"-нетранслируемый участок и поли(А)-фрагмент имеют отношение к регуляции продолжительности жизни м-РНК, поскольку разрушение м-РНК осуществляется 3"-экзонуклеазами. После окончания трансляции м-РНК от поли(А)-фрагмента отщепляются 10-15 нуклеотидов. Когда данный фрагмент исчерпывается, начинает разрушаться значащая часть мРНК (если отсутствует 3"-нетранслируемый участок).

Общее количество нуклеотидов в мРНК обычно варьирует в пределах нескольких тысяч. При этом на кодирующую часть иногда может приходиться лишь 60-70 % нуклеотидов.

В клетках молекулы мРНК практически всегда связаны с белками. Последние, вероятно, стабилизируют линейную структуру мРНК, т. е. предупреждают образование в кодирующей части "шпилек". Кроме того, белки могут защищать м-РНК от преждевременного разрушения. Такие комплексы мРНК с белками иногда называют информосомами.

Транспортная РНК в цитоплазме клетки переносит аминокислоты в активированной форме к рибосомам, где они соединяются в пептидные цепи в определенной последовательности, которую задает РНК-матрица (мРНК). В настоящее время известны данные о нуклеотидной последовательности более чем 1700 видов тРНК из прокариотических и эукариотических организмов. Все они имеют общие черты как в их первичной структуре, так и в способе складывания полинуклеотидной цепи во вторичную структуру за счет комплементарного взаимодействия входящих в их структуру нуклеотидов.

Транспортная РНК в своем составе содержит не больше 100 нуклеотидов, среди которых отмечается высокое содержание минорных, или модифицированных, нуклеотидов. Первой полностью расшифрованной транспортной РНК была аланиновая РНК, выделенная из дрожжей. Анализ показал, что аланиновая РНК состоит из 77 нуклеотидов, расположенных в строго определенной последовательности; в их состав входят так называемые минорные нуклеотиды, представленные нетипичными нуклеозидами дигидроуридин (dgU) и псевдоуридин (Ψ); инозин (I): по сравнению с аденозином, аминогруппа замещена на кетогруппу; метилинозин (мI), метил- и диметилгуанозин (мG и м 2 G); метилуридин (мU): то же самое, что риботимидин. Аланиновая тРНК содержит 9 необычных оснований с одной или несколькими метильными группами, которые присоединяются к ним ферментативным путем уже после образования фосфодиэфирных связей между нуклеотидами. Эти основания неспособны к образованию обычных пар; возможно, они служат для того, чтобы препятствовать спариванию оснований в определенных частях молекулы и таким образом обнажать специфические химические группы, которые образуют вторичные связи с информационной РНК, рибосомой или, быть может, с ферментом, необходимым для присоединения определенной аминокислоты к соответствующей транспортной РНК. Известная последовательность нуклеотидов в тРНК по существу означает, что известна также его последовательность в генах, на которых эта тРНК синтезируется. Эту последовательность можно вывести основываясь на правилах специфического спаривания оснований, установленных Уотсоном и Криком. В 1970 году была синтезирована полная двухцепочечная молекула ДНК с соответсвующей последовательностью из 77 нуклеотидов, и оказалось, что она может служить матрицей для построения аланиновой транспортной РНК. Это был первый искусственно синтезированный ген.

Транскрипция тРНК

Транскрипция молекул т-РНК происходит с кодирующих её последовательностей в ДНК при участии фермента РНК-полимеразы III. В ходе транскрипции формируется первичная структура тРНК в виде линейной молекулы. Формирование начинается с составления РНК-полимеразой последовательности нуклеотидов в соответствии с геном, содержащим информацию о данной транспортной РНК. Эта последовательность представляет из себя линейную полинуклеотидную цепь, в которой нуклеотиды следуют друг за другом. Линейная полинуклеотидная цепь является первичной РНК, предшественницей тРНК, включающей в себя интроны - неинформативные излишки нуклеотидов. На этом уровне организации пре-тРНК не функциональна. Образуясь в разных местах ДНК хромосом пре-тРНК содержит излишки примерно в 40 нуклеотидов по сравнению со зрелой тРНК.

Вторым этапом вновь синтезированная предшественница тРНК проходит послетранскрипционное созревание или процессинг. В ходе процессинга удаляются неинформативные излишки в пре-РНК и образуются зрелые, функциональные молекулы РНК.

Процессинг пре-тРНК

Процессинг начинается с того, что в транскрибте образуется внутримолекулярные водородные связи и молекула тРНК принимает форму клеверного листа. Это вторичный уровень организации тРНК, на котором молекула тРНК еще не функциональна. Далее происходит вырезание неинформативных участков из пре-РНК, сращивание информативных участков "разорванных генов" - сплайсинг и модификация 5"- и 3"-концевых участков РНК.

Вырезание неинформативных участков пре-РНК осуществляется с помощью рибонуклеаз (экзо- и эндонуклеаз). После удаления излишков нуклеотидов происходит метилирование оснований тРНК. Реакция осуществляется метилтрансферазами. В роли донора метильных групп выступает S-аденозилметионин. Метилирование препятствует разрушению тРНК нуклеазами. Окончательно зрелая тРНК образуется путем присоединения специфической тройки нуклеотидов (акцепторного конца) - ЦЦА, которое осуществляется специальной РНК-полимеразой.

По завершении процессинга во вторичной структуре вновь образуются дополнительные водородные связи за счет которых тРНК переходит на третичный уровень организации и принимает вид так называемой L-формы. В таком виде тРНК уходит в гиалоплазму.

Строение тРНК

В основе структуры транспортной РНК лежит цепочка нуклеотидов. Однако в силу того, что любая цепочка нуклеотидов имеет положительно и отрицательно заряженные части, она не может находиться в клетке в развернутом состоянии. Эти заряженные части притягиваясь друг к другу легко образуют между собой водородные связи по принципу комплементарности. Водородные связи причудливо скручивают нить т-РНК и удерживают ее в таком положении. В результате этого вторичная структура т-РНК имеет вид "клеверного листа" (рис.), содержащего в своей структуре 4 двухцепочечных участка. Высокое содержание минорных или модифицированных нуклеотидов, отмечаемых в цепи тРНК и неспособных к комплементарным взаимодействиям, формирует 5 одноцепочечных участков.

Т.о. вторичная структура т-РНК образуется вследствие внутрицепочечного спаривания комплементарных нуклеотидов отдельных участков тРНК. Участки тРНК, не вовлекаемые в образование водородных связей между нуклеотидами, образуют петли или линейные звенья. В тРНК выделяют следующие структурные участки:

1. Акцепторный участок (конец) , состоящий из четырех линейно расположенных нуклеотидов, три из которых имеют во всех типах тРНК одинаковую последовательность - ЦЦА. Гидроксил 3"-ОН аденозина свободен. К нему присоединяется карбоксильной группой аминокислота, отсюда и название этого участка тРНК - акцепторный. Связанную с 3"-гидроксильной группой аденозина аминокислоту тРНК доставляет к рибосомам, где происходит синтез белка.
2. Антикодоновая петля , обычно образуемая семью нуклеотидами. Она содержит специфический для каждой тРНК триплет нуклеотидов, называемый антикодоном. Антикодон тРНК по принципу комплементарности спаривается с кодоном мРНК. Кодон-антикодоновое взаимодействие определяет порядок расположения аминокислот в полипептидной цепи во время сборки ее в рибосомах.
3. Псевдоуридиловая петля (или ТΨС-петля) , состоящая из семи нуклеотидов и обязательно содержащая остаток псевдоуридиловой кислоты. Предполагают, что псевдоуридиловая петля участвует в связывании тРНК с рибосомой.
4. Дигидроуридиновая, или D-петля , состоящая обычно из 8-12 нуклеотидных остатков, среди которых обязательно имеется несколько остатков дигидроуридина. Считают, что D-петля необходима для связывания с аминоацил-тРНК-синтетазой, которая участвует в узнавании аминокислотой своей тРНК (см. "Биосинтез белка"),
5. Добавочная петля , которая варьирует по размерам и составу нуклеотидов у разных тРНК.

Третичная структура т-РНК уже не имеет формы клеверного листа. За счет образования водородных связей между нуклеотидами из разных частей "листа клевера" его лепестки заворачиваются на тело молекулы и удерживаются в таком положении дополнительно ван-дер-ваальсовыми связями, напоминая собой форму буквы Г или L. Наличие стабильной третичной структуры является еще одной особенностью т-РНК, в отличие от длинных линейных полинуклеотидов м-РНК. Понять, как именно изгибаются различные части вторичной структуры т-РНК при образовании третичной структуры можно по рис., сопоставив цвета схемы вторичной и третичной структуры т-РНК.

Транспортные РНК (т-РНК) переносят аминокислоты из цитоплазмы в рибосомы в процессе синтеза белка. Из таблицы с генетическим кодом видно, что каждая аминокислота кодируется несколькими последовательностями нуклеотидов, поэтому каждой аминокислоте соответствуют свои транспортные РНК. В результате этого существует большое разнообразие т-РНК: от одного до шести видов для каждой из 20 аминокислот. Виды тРНК, способные связывать одну и ту же аминокислоту, называются изоакцепторными (например аланин может быть присоединен к т-РНК, антикодон которой будет комплементарен кодонам GCU, GCC, GCA, GCG). Специфичность тРНК обозначается верхним индексом, например: тРНК Ala .

Для процесса синтеза белка главными функциональными частями т-РНК являются: антикодон - последовательность нуклеотидов, находящихся на антикодоновой петле, комплементарных кодону информационной РНК (и-РНК) и акцепторная часть - противоположный антикодону конец т-РНК, к которому присоединяется аминокислота. Последовательность оснований в антикодоне напрямую зависит от вида аминокислоты, прикреплённой к 3"-концу. Так, например, т-РНК, антикодон которой имеет последовательность 5"-ЦЦА-3", может нести только аминокислоту триптофан. Следует отметить, что данная зависимость лежит в основе передачи генетической информации, носителем которой выступает т-РНК.

В процессе синтеза белка т-РНК антикодоном распознает трехбуквенную последовательность генетического кода (кодона) и-РНК, сопоставляя ей единственную соответствующую аминокислоту, закрепленную на другом конце тРНК. Только в случае комплементарности антикодона к участку мРНК транспортная РНК может к ней присоединиться и отдать переносимую аминокислоту на формирование протеиновой цепочки. Взаимодействие т-РНК и и-РНК происходит в рибосоме, которая также является активным участником трансляции.

Распознавание т-РНК своей аминокислоты и кодона и-РНК происходит определенным образом:

• Связывание "своей" аминокислоты с т-РНК происходит с помощью фермента - специфической аминоацил-тРНК-синтетазы

  Существуют большое разнообразие аминоацил-тРНК-синтетаз - по числу тРНК, используемых аминокислотами. Сокращенно их называют АРСазы. Аминоацил-тРНК-синтетазы крупные молекулы (мол.масса 100 000 - 240 000), имеющие четвертичную структуру. Они специфически узнают тРНК и аминокислоты и катализируют их соединение. Для этого процесса требуется АТФ, энергия которой используется на активирование аминокислоты с карбоксильного конца и присоединение ее к гидроксилу (3"-ОН) аденозина акцепторного конца (ЦЦА) тРНК. Считается, что в молекуле каждой аминоацил-тРНК-синтетазы имеются центры связывания по крайней мере три центра связывания: для аминокислоты, изоакцепторных тРНК и АТФ. В центрах связывания происходит образование ковалентной связи, при соответствии аминокислоты тРНК, и гидролиз такой связи в случае их несоответствия (присоединения к тРНК "не той" аминокислоты).

  АРСазы обладают способностью выборочно использовать при узнавании ассортимент тРНК для каждой аминокислоты, т.е. ведущим звеном узнавания является аминокислота, а к ней подгоняется своя тРНК. Далее тРНК путем простой диффузии переносит присоединенную к ней аминокислоту к рибосомам, где происходит сборка белка из аминокислот, поступающих в виде разных аминоацил-тРНК.

  

  Связывание аминокислоты с тРНК

  Связывание тРНК и аминокислоты происходит следующим образом (рис.): к аминоацил-тРНК-синтетазе присоединяется аминокислота и молекула АТФ. Для последующего аминоацелирования молекула АТФ высвобождает энергию, отщепляя две фосфатные группы. Оставшийся АМФ (аденозинмонофосфат) присоединяется к аминокислоте, подготавливая ее к соединению с акцепторным участком тРНК - акцепторной шпилькой. После чего синтетаза присоединяет к себе соответствующую аминокислоте родственную тРНК. На этом этапе происходит проверка соответствия тРНК синтетазе. В случае сооответствия тРНК плотно присоединяется к синтетазе, изменяя ее структуру, что приводит к запуску процесса аминоацелирования - присоединения аминокислоты к тРНК.

  Аминоацилирование происходит в процессе замены присоединенной к аминокислоте молекулы АМФ на молекулу тРНК. После этой замены АМФ покидает синтетазу, а тРНК задерживается для последней проверки аминокислоты.

  Проверка соответствия тРНК присоединенной аминокислоте

  Модель синтетазы для проверки соответствия тРНК присоединенной аминокислоте предполагает наличие двух активных центров: синтетического и коррекционного. В синтетическом центре происходит присоединение тРНК к аминокислоте. Акцепторный участок тРНК, захваченной синтетазой, вначале контактирует с синтетическим центром, в котором уже размещена аминокислота, соединенная с АМФ. Этот контакт акцепторного участка тРНК придает ему неестественный изгиб до момента присоединения аминокислоты. После того, как происходит присоединение аминокислоты с акцепторному участку тРНК, необходимость нахождения данного участка в синтетическом центре отпадает, тРНК распрямляется и перемещает присоединенную к ней аминокислоту в коррекционный центр. При несовпадении размеров молекулы аминокислоты, присоединенной к тРНК, и размеров коррекционного центра, аминокислота опознается как неправильная и отсоединяется от тРНК. Синтетаза готова к следующему циклу. При совпадении размеров молекулы аминокислоты, присоединенной к тРНК, и размеров коррекционного центра, заряженная аминокислотой тРНК освобождается: она готова сыграть свою роль в трансляции протеина. А синтетаза готова присоединить новые аминокислоту и тРНК, и начать повторный цикл.

  Соединение несоответствующей аминокислоты с синтетазой в среднем происходит в 1-м случае из 50 тыс., а с ошибочной тРНК всего лишь один раз на 100 тысяч присоединений.

• Взаимодействие кодона м-РНК и антикодона т-РНК происходит по принципу комплементарности и антипараллельности

  Взаимодействие тРНК с кодоном мРНК по принципу комплементраности и антипараллельности означает: поскольку смысл кодона мРНК читается в направлении 5"->3", то антикодон в тРНК должен читаться в направлении 3"->5". При этом первые два основания кодона и антикодона спариваются строго комплементарно, т. е. образуются только пары А У и Г Ц. Спаривание же третьих оснований может отступать от этого принципа. Допустимые пары определяются схемой:

  Из схемы вытекает следующее.

  • Молекула тРНК связывается только с 1-м типом кодона, если третий нуклеотид в ее антикодоне - Ц или А
  • тРНК связывается с 2-мя типами кодонов, если антикодон заканчивается на У или Г.
  • И, наконец, тРНК связывается с 3-мя типами кодонов, если антикодон кончается на И (инозиновый нуклеотид); такая ситуация, в частности, в аланиновой тРНК.

    Отсюда, в свою очередь, следует, что для узнавания 61 смыслового кодона требуется, в принципе, не такое же, а меньшее количество разных тРНК.

  Рибосомальная РНК

  

  Рибосомальные РНК являются основой для формирования субъединиц рибосом. Рибосомы обеспечивают пространственное взаиморасположение мРНК и тРНК в процессе синтеза белка.

  Каждая рибосома состоит из большой и малой субъединиц. Субъединицы включают в себя большое количество белков и рибосомальные РНК, которые не подвергаются трансляции. Рибосомы, как и рибосомальные РНК, различаются по коэффициенту седиментации (осаждения), измеряемому в единицах Сведберга (S). Данный коэффициент зависит от скорости осаждения субъединиц при центрифугировании в насыщенной водной среде.

  Каждая рибосома эукариот имеет коэффициент седиментации, равный 80S, и ее принято обозначать как 80S-частицу. Она включает

  • малую субъединицу (40S), содержащую рибосомальную РНК с коэффициентом седиментации 18S рРНК и 30 молекул различных белков,
  • большую субъединицу (60S), которая включает 3 разные молекулы рРНК (одну длинную и две короткие - 5S, 5,8S и 28S), а также 45 белковых молекул.

    Субъединицы образуют "скелет" рибосомы, каждый из которых окружен своими белками. Коэффициент седиментации полной рибосомы не совпадает с суммой коэффициентов двух ее субъединиц, что связано с пространственной конфигурацией молекулы.

  Устройство рибосом прокариотов и эукариотов примерно одинаковое. Отличаются они лишь молекулярной массой. Бактериальная рибосома имеет коэффициент cедиментации 70S и обозначается как 70S-частица, что указывает на меньшую скорость осаждения; содержит

  • малую (30S) субъединицу - 16S рРНК + белки
  • большую субъединицу (50S) - 23S рРНК + 5S рРНК + белки большой субчастицы (рис.)

  В рРНК среди азотистых оснований выше чем обычно содержание гуанина и цитозина. Встречаются также минорные нуклеозиды, но не столь часто, как в тРНК: примерно 1 %. Это, в основном, нуклеозиды, метилированные по рибозе. Во вторичной структуре рРНК много двухцепочечных участков и петель (рис.). Таково строение молекул РНК, образуемых в двух последовательно проходящих процессах - транскрипции ДНК и созревании (процессинге) РНК.

  Транскрипция рРНК с ДНК и процессинг рРНК

  Пре-рРНК образуется в ядрышке, где находятся транскриптоны рРНК. Траснкрипция рРНК с ДНК происходит при помощи двух дополнительных РНК-полимераз. РНК-полимераза I транскрибирует 5S, 5,8S и 28S в виде одного длинного 45S-тpaнскрипта, который затем разделяется на необходимые части. Таким образом обеспечивается равное количество молекул. В организме человека в каждом гаплоидном геноме присутствует примерно 250 копий последовательности ДНК, кодирующей 45S-транскрипт. Они расположены в пяти кластерных тандемных повторах (т. е. попарно друг за другом) в коротких плечах хромосом 13, 14, 15, 21 и 22. Данные участки известны как ядрышковые организаторы, так как их транскрипция и последующий процессинг 45S-транскрипта происходят внутри ядрышка.

  Не менее чем в трёх кластерах хромосомы 1 существует 2000 копий 5S-pPHK гена. Их транскрипция протекает в присутствии РНК-полимеразы III снаружи ядрышка.

  В ходе процессинга остается чуть больше половины пре-рРНК и освобождаются зрелые рРНК. Часть нуклеотидов рРНК подвергается модификации, которая состоит в метилировании оснований. Реакция осуществляется метилтрансферазами. В роли донора метальных групп выступает S-аденозилметионин. Зрелые рРНК соединяются в ядре с белками рибосом, поступающих сюда из цитоплазмы, и образуют малую и большую субчастицы рибосом. Зрелые рРНК транспортируются из ядра в цитоплазму в комплексе с белком, который дополнительно защищает их от разрушения и способствует переносу.

  Центры рибосом

  Рибосомы существенно отличаются от других органел клетки. В цитоплазме они встречаются в двух состояниях: в неработающем, когда большая и малая субъединицы отделены друг от друга, и в активном - во время выполнения своей функции - синтеза протеина, когда субъединицы соединяются друг с другом.

  Процесс соединения субъединиц рибосом или сборка активной рибосомы обозначается как инициация трансляции. Эта сборка происходит строго упорядоченным образом, что обеспечивается функциональными центрами рибосом. Все эти центры находятся на контактирующих поверхностях обеих субъединиц рибосомы. К ним относятся:

  1. Центр связывания мРНК (М центр). Он образован участком 18S рРНК, который комплементарен на протяжении 5-9 нуклеотидов 5"-нетранслируемому фрагменту мРНК
  2. Пептидильный центр (П-центр). В начале процесса трансляции с ним связывается инициирующая аа-тРНК. У эукариот инициирующий кодон всех мРНК всегда кодирует метионин, поэтому инициирующей аа-тРНК является одна из двух метиониновых аа-тРНК, отмечаемая нижним индексом i: Мет-тРНК i Met . На последующих же стадиях трансляции в П-центре находится пептидил-тРНК, содержащая уже синтезированную часть пептидной цепи.

     Иногда говорят также о Е-центре (от "exit" - выход), куда перемещается тРНК, потерявшая связь с пептидилом, перед тем, как покинуть рибосому. Однако можно рассматривать этот центр как составную часть П-центра.

  3. Аминокислотный центр (А-центр) - место связывания очередной аа-тРНК.
  4. Пептидилтрансферазный центр (ПТФ центр) - он катализирует перенос пептидила из состава пептидил-тРНК на поступившую в А центр очередную аа-тРНК. При этом образуется еще одна пептидная связь и пептидил удлиняется на одну аминокислоту.

  Как в аминокислотном центре, так и в пептидильном центре антикодоновая петля соответствующей тРНК (аа-тРНК или пептидил-тРНК), очевидно, обращена к М-центру - центру связывания матричной РНК (взаимодействуя с мРНК), а акцепторная петля с аминоацилом или пептидилом к ПТФ центру.

  Распределение центров между субъединицами

  Распределение центров между субъединицами рибосомы происходит следующим образом:

  • Малая субъединица. Поскольку именно она содержит 18S-рРНК, с участком которой связывается мРНК, то М-центр расположен на данной субъединице. Кроме того, здесь же находятся основная часть А-центра и небольшая часть П-центра.
  • Большая субъединица . На ее контактирующей поверхности расположены остальные части П- и A-центров. В случае П-центра - это его основная часть, а в случае А-центра - участок связывания акцепторной петли аа-тРНК с аминокислотным радикалом (аминоацилом); остальная же и большая часть аа-тРНК связывается с малой субъединицей. Большой субъединице принадлежит также ПТФ центр.
  Всеми этими обстоятельствами и определяется порядок сборки рибосомы на стадии инициации трансляции.

  Инициация рибосомы (подготовка рибосомы к синтезу белка)

  Синтез белка, или собственно трансляцию, принято разделять на три фазы: инициации (начало), элонгации (удлинение полипептидной цепи) и терминации (окончание). В фазу инициации происходит подготовка рибосомы к работе: соединение ее субъединиц. У бактериальных и эукариотических рибосом соединение субъединиц и начало трансляции протекает по-разному.

  Начало трансляции - наиболее медленный процесс. В нем кроме субъединиц рибосомы, мРНК и тРНК принимают участие ГТФ и три белковых фактора инициации (IF-1, IF-2 и IF-3), которые не являются составными компонентами рибосомы. Факторы инициации облегчают связывание мРНК с малой субъединицей и ГТФ. ГТФ за счет гидролиза обеспечивает энергией процесс смыкания субъединиц рибосомы.

  

  1. Инициация начинается с того, что малая субъединица (40S) связывается с фактором инициации IF-3, в результате этого возникает препятствие к преждевременному связыванию большой субъединицы и возможность присоединения к ней мРНК.
  2. Далее к комплексу "малая субъединица (40S) + IF-3" присоединяется мРНК (своим 5"-нетранслируемым участком). При этом инициирующий кодон (АУГ) оказывается на уровне пептидильного центра будущей рибосомы.
  3. Далее к комплексу "малая субъединица + IF-3 + мРНК" присоединяются еще два фактора инициации: IF-1 и IF-2, при этом последний несет с собой особую транспортную РНК, которую называют инициирующей аа-тРНК. В состав комплекса входит также ГТФ.

     Малая субъединица соединяясь с мРНК представляет для считывания два кодона. На первом из них протеин IF-2 закрепляет инициаторную аа-тРНК. Второй кодон закрывает протеин IF-1, который блокирует его и не позволяет присоединиться следующей тРНК до момента полной сборки рибосомы.

  4. После связывания инициирующей аа-тРНК, т. е. Мет-тРНК i Met за счет комплементарного взаимодействия с мРНК (инициирующий кодон АУГ) и установки ее на свое место в П-центре происходит связывание субъединиц рибосомы. ГТФ гидролизуется до ГДФ и неорганического фосфата, а выдяляющаяся при разрыве данной макроэргической связи энергия создает термодинамический стимул для протекания процесса в нужном направлении. Одновременно факторы инициации покидают рибосому.

  Таким образом, формируется своеобразный "бутерброд" из четырех основных компонентов. При этом в П-центре собранной рибосомы оказываются инициирующий кодон мРНК (АУГ) и связанная с ним инициирующая аа-тРНК. Последняя при образовании первой пептидной связи играет роль пептидил-тРНК.

  

  Транскрипты РНК, синтезированные при помощи РНК-полимеразы, обычно претерпевают дальнейшие ферментативные превращения, называемые посттранскрипционным процессингом, и только после этого они обретают свою функциональную активность. Транскрипты незрелой матричной РНК носят название гетерогенной ядерной РНК (гяРНК). Они состоят из смеси очень длинных молекул РНК, содержащих интроны и экзоны. Созревание (процессинг) гяРНК у эукариотов включает несколько стадий, в одну из которых происходит удаление интронов - нетранслируемых вставочных последовательностей и сшивание экзонов. Процесс протекает таким образом, что следующие друг за другом экзоны, т. е. кодирующие фрагменты мРНК, никогда физически не разобщаются. Экзоны очень точно соединяются между собой с помощью молекул, называемых малыми ядерными РНК (мяРНК). Функция этих коротких ядерных РНК, состоящих приблизительно из ста нуклеотидов, долго оставалась непонятной. Ее удалось установить после того, как было обнаружено, что их нуклеотидная последовательность комплементарна последовательностям на концах каждого из интронов. В результате спаривания оснований, содержащихся в мяРНК и на концах свернутого в петлю интрона, последовательности двух экзонов сближаются таким образом, что становится возможным удаление разделяющего их интрона и ферментативное соединение (сплайсинг) кодирующих фрагментов (экзонов). Таким образом, молекулы мяРНК играют роль временных матриц, удерживающих близко друг от друга концы двух экзонов для того, чтобы сплайсинг произошел в правильном месте (рис.).

  Превращение гяРНК в иРНК путём удаления интронов проходит в ядерном комплексе РНК-белков, называемом сплайсомой. У каждой сплайсомы есть ядро, состоящее из трёх малых (низкомолекулярных) ядерных рибонуклеопротеинов, или снурпов. Каждый снурп содержит хотя бы одну малую ядерную РНК и несколько белков. Существует несколько сотен различных малых ядерных РНК, транскрибируемых в основном РНК-полимеразой II. Считают, что их основная функция - распознавание специфических рибонуклеиновых последовательностей посредством спаривания оснований по типу РНК-РНК. Для процессинга гяРНК наиболее важны Ul, U2, U4/U6 и U5.

  Митохондриальная РНК

  Митохондриальная ДНК представляет собой непрерывную петлю и кодирует 13 полипептидов, 22 тРНК и 2 рРНК (16S и 23S). Большинство генов находятся на одной (тяжёлой) цепи, однако некоторое их количество расположено и на комплементарной ей лёгкой. При этом обе цепи транскрибируются в виде непрерывных транскриптов при помощи митохондриоспецифической РНК-полимеразы. Данный фермент кодируется ядерным геном. Длинные молекулы РНК затем расщепляются на 37 отдельных видов, а мРНК, рРНК и тРНК совместно транслируют 13 мРНК. Большое количество дополнительных белков, которые поступают в митохондрию из цитоплазмы, транслируются с ядерных генов. У пациентов с системной красной волчанкой обнаруживают антитела к снурп-белкам собственного организма. Кроме того, считают, что определённый набор генов малой ядерной РНК хромосомы 15q играет важную роль в патогенезе синдрома Прадера-Вилли (наследственное сочетание олигофрении, низкого роста, ожирения, гипотонии мышц).

  
  

12 января 2018

В предложенной вашему вниманию статье мы предлагаем изучить и построить сравнительную таблицу ДНК и РНК. Для начала необходимо сказать, что есть специальный раздел биологии, который занимается вопросами хранения, реализации и передачи наследственной информации, его название - молекулярная биология. Именно эту область мы и затронем далее.

Речь пойдет о полимерах (высокомолекулярных органических соединениях), образованных из нуклеотидов, которые и имеют название - нуклеиновые кислоты. Эти соединения выполняют очень важные функции, одна из которых - хранение информации об организме. Для того чтобы сравнить ДНК и РНК (таблица будет представлена в самом конце статьи), необходимо знать, что всего выделяют два вида нуклеиновых кислот, участвующих в биосинтезе белка:

• дезоксирибонуклеиновую, которую мы чаще встречаем в виде аббревиатуры - ДНК;
• рибонуклеиновую (или сокращенно, РНК)

Нуклеиновая кислота: что это такое?

Для того чтобы составить таблицу сравнения ДНК и РНК, необходимо более подробно познакомиться с данными полинуклеотидами. Начнем с общего вопроса. И ДНК, и РНК - это нуклеиновые кислоты. Как говорилось ранее, они образуются из остатков нуклеотидов.

Эти полимеры можно обнаружить абсолютно в любой клеточке организма, так как именно на их плечи возложена большая обязанность, а именно:

• хранение;
• передача;
• реализация наследственности.

Теперь очень коротко осветим основные их химические свойства:

• хорошо растворяются в воде;
• практически не поддаются растворению в органических растворителях;
• чувствительны к изменениям температуры;
• если молекулу ДНК выделить каким-либо возможным образом из природного источника, то можно наблюдать фрагментацию при механических действиях;
• фрагментирование происходит ферментами под названием нуклеазы.

Сходства и различия ДНК и РНК: пентозы

В таблице сравнения ДНК и РНК важно отметить одно очень важное сходство между ними - наличие в составе моносахаридов. Важно заметить, что каждая нуклеиновая кислота имеет отдельные их формы. Деление нуклеиновых кислот на ДНК и РНК происходит в результате того, что они обладают различными пентозами.

Так, например, в составе ДНК мы можем обнаружить дезоксирибозу, а в РНК - рибозу. Обратите внимание на тот факт, что при втором атоме углерода в дезоксирибозе нет кислорода. Ученые сделали следующее предположение - отсутствие кислорода имеет следующее значение:

• оно укорачивает связи С 2 и С 3 ;
• добавляет прочности молекуле ДНК;
• создает условия для укладки массивной молекулы в ядре.

Сравнение азотистых оснований

Итак, всего выделяют пять азотистых оснований:

• А (аденин);
• Г (гуанин);
• Ц (цитозин);
• Т (тимин);
• У (урацил).

Важно отметить, что именно эти крошечные частички являются кирпичиками наших молекул. Именно в них заключена вся генетическая информация, а если быть более точными, то в их последовательности. В ДНК мы можем встретить: А, Г, Ц и Т, а в РНК - А, Г, Ц и У.

Азотистые основания - это большая часть нуклеиновых кислот. Помимо пяти перечисленных, встречаются и другие, но это бывает крайне редко.

Принципы строения ДНК

Еще одна важная особенность - наличие четырех уровней организации (вы сможете это увидеть на картинке). Как уже стало понятно, первичная структура - это цепочка нуклеотидов, при этом соотношение азотистых оснований подчиняется некоторым законам.

Вторичная структура - двойная спираль, состав каждой цепи которой специфичен для вида. Остатки фосфорной кислоты мы можем обнаружить снаружи спирали, а азотистые основания располагаются внутри.

Последним уровнем выступает хромосома. Представьте, что Эйфелева башня помещается в спичечный коробок, вот так уложена молекула ДНК в хромосоме. Важно заметить еще и то, что хромосома может состоять из одной хроматиды или двух.

Поговорим, прежде чем составить таблицу сравнения ДНК и РНК, о структуре РНК.

Виды и особенности строения РНК

Для сравнения сходства ДНК и РНК (таблицу вы сможете увидеть в последнем параграфе статьи), разберем разновидности последних:

1. Прежде всего, тРНК (или транспортная) - одноцепочная молекула, которая выполняет функции транспортировки аминокислот и синтеза белка. Ее вторичной структурой является "клеверный лист", а третичная изучена крайне мало.
2. Информационная или матричная (мРНК) - перенос информации от молекулы ДНК к месту синтеза белка.
3. И последняя - рРНК (рибосомная). Как уже стало понятно из названия, содержится в рибосомах.

Какие функции выполняет ДНК?

Сравнивая ДНК и РНК, невозможно упустить вопрос выполняемых функций. В итоговой таблице эта информация обязательно будет отражена.

Итак, не сомневаясь ни секунды, мы можем утверждать, что в маленькой молекуле ДНК запрограммирована вся генетическая информация, способная контролировать каждый наш шаг. Сюда относятся:

• здоровье;
• развитие;
• продолжительность жизни;
• наследственные болезни;
• сердечно-сосудистые заболевания и пр.

Представьте, что мы выделили все молекулы ДНК из одной клетки человеческого организма и разложили их в ряд. Как вы думаете, какая длина цепочки получится? Многие подумают, что миллиметры, но это не так. Длина данной цепи будет составлять целых 7,5 сантиметров. Невероятно, но почему мы тогда клетку не можем разглядеть без мощного микроскопа? Все дело в том, что молекулы очень сильно спрессованы. Вспомните, мы в статье уже говорили о размерах Эйфелевой башни.

А какие же все-таки функции выполняют ДНК?

1. Являются носителями генетической информации.
2. Воспроизводят и передают информацию.

Какие функции выполняет РНК?

Для более точного сравнения ДНК и РНК, предлагаем рассмотреть функции, выполняемые вторыми. Ранее уже говорилось, что выделяется три типа РНК:

• РРНК выполняет функцию структурной основы рибосомы, помимо этого они взаимодействуют с другими видами РНК в процессе синтеза белка и принимают участие при сборке полипептидной цепи.
• Функция мРНК - матрица для биосинтеза белка.
• ТРНК связывают аминокислоты и переносят их в рибосому для синтеза белка, кодируют аминокислоты, расшифровывают генетический код.

Выводы и сравнительная таблица

Нередко школьникам дают задание по биологии или химии - сравнить ДНК и РНК. Таблица в этом случае будет необходимым помощником. Все, что было сказано ранее в статье, вы сможете увидеть здесь в сжатой форме.

Сравнение ДНК и РНК (выводы)

Признак	ДНК	РНК
Структура	Две цепи.	Одна цепь.
Полинуклеотидная цепь	Цепи правозакручены относительно друг друга.	Может иметь различные формы, все зависит от типа. Для примера возьмем тРНК, имеющую форму кленового листа.
Локализация	В 99% локализация в ядре, однако можно встретить в хлоропластах и митохондриях.	Ядрышки, рибосомы, хлоропласты, митохондрии, цитоплазма.
Мономер	Дезоксирибонуклеотиды.	Рибонуклеотиды.
Нуклеотиды	А, Т, Г, Ц.	А, Г, Ц, У.
Функции	Хранение наследственной информации.	МРНК переносит наследственную информацию, рРНК выполняет структурную функцию, мРНК, тРНК и рРНК участвуют в синтезе белка.

Несмотря на то что наша сравнительная характеристика получилась очень краткой, мы смогли охватить все аспекты строения и функций рассматриваемых соединений. Эта таблица сможет послужить хорошей шпаргалкой на экзамене или просто памяткой.

К нуклеиновым кислотам относят высокополимерные соединения, распадающиеся при гидролизе на пуриновые и пиримидиновые основания, пентозу и фосфорную кислоту. Нуклеиновые кислоты содержат углерод, водород, фосфор, кислород и азот. Различают два класса нуклеиновых кислот: рибонуклеиновые кислоты (РНК) и дезоксирибонуклеиновые кислоты (ДНК) .

Строение и функции ДНК

ДНК — полимер, мономерами которой являются дезоксирибонуклеотиды. Модель пространственного строения молекулы ДНК в виде двойной спирали была предложена в 1953 г. Дж. Уотсоном и Ф. Криком (для построения этой модели они использовали работы М. Уилкинса, Р. Франклин, Э. Чаргаффа).

Молекула ДНК образована двумя полинуклеотидными цепями, спирально закрученными друг около друга и вместе вокруг воображаемой оси, т.е. представляет собой двойную спираль (исключение — некоторые ДНК-содержащие вирусы имеют одноцепочечную ДНК). Диаметр двойной спирали ДНК — 2 нм, расстояние между соседними нуклеотидами — 0,34 нм, на один оборот спирали приходится 10 пар нуклеотидов. Длина молекулы может достигать нескольких сантиметров. Молекулярный вес — десятки и сотни миллионов. Суммарная длина ДНК ядра клетки человека — около 2 м. В эукариотических клетках ДНК образует комплексы с белками и имеет специфическую пространственную конформацию.

Мономер ДНК — нуклеотид (дезоксирибонуклеотид) — состоит из остатков трех веществ: 1) азотистого основания, 2) пятиуглеродного моносахарида (пентозы) и 3) фосфорной кислоты. Азотистые основания нуклеиновых кислот относятся к классам пиримидинов и пуринов. Пиримидиновые основания ДНК (имеют в составе своей молекулы одно кольцо) — тимин, цитозин. Пуриновые основания (имеют два кольца) — аденин и гуанин.

Моносахарид нуклеотида ДНК представлен дезоксирибозой.

Название нуклеотида является производным от названия соответствующего основания. Нуклеотиды и азотистые основания обозначаются заглавными буквами.

Полинуклеотидная цепь образуется в результате реакций конденсации нуклеотидов. При этом между 3"-углеродом остатка дезоксирибозы одного нуклеотида и остатком фосфорной кислоты другого возникает фосфоэфирная связь (относится к категории прочных ковалентных связей). Один конец полинуклеотидной цепи заканчивается 5"-углеродом (его называют 5"-концом), другой — 3"-углеродом (3"-концом).

Против одной цепи нуклеотидов располагается вторая цепь. Расположение нуклеотидов в этих двух цепях не случайное, а строго определенное: против аденина одной цепи в другой цепи всегда располагается тимин, а против гуанина — всегда цитозин, между аденином и тимином возникают две водородные связи, между гуанином и цитозином — три водородные связи. Закономерность, согласно которой нуклеотиды разных цепей ДНК строго упорядоченно располагаются (аденин — тимин, гуанин — цитозин) и избирательно соединяются друг с другом, называется принципом комплементарности . Следует отметить, что Дж. Уотсон и Ф. Крик пришли к пониманию принципа комплементарности после ознакомления с работами Э. Чаргаффа. Э. Чаргафф, изучив огромное количество образцов тканей и органов различных организмов, установил, что в любом фрагменте ДНК содержание остатков гуанина всегда точно соответствует содержанию цитозина, а аденина — тимину («правило Чаргаффа» ), но объяснить этот факт он не смог.

Из принципа комплементарности следует, что последовательность нуклеотидов одной цепи определяет последовательность нуклеотидов другой.

Цепи ДНК антипараллельны (разнонаправлены), т.е. нуклеотиды разных цепей располагаются в противоположных направлениях, и, следовательно, напротив 3"-конца одной цепи находится 5"-конец другой. Молекулу ДНК иногда сравнивают с винтовой лестницей. «Перила» этой лестницы — сахарофосфатный остов (чередующиеся остатки дезоксирибозы и фосфорной кислоты); «ступени» — комплементарные азотистые основания.

Функция ДНК — хранение и передача наследственной информации.

Репликация (редупликация) ДНК

— процесс самоудвоения, главное свойство молекулы ДНК. Репликация относится к категории реакций матричного синтеза, идет с участием ферментов. Под действием ферментов молекула ДНК раскручивается, и около каждой цепи, выступающей в роли матрицы, по принципам комплементарности и антипараллельности достраивается новая цепь. Таким образом, в каждой дочерней ДНК одна цепь является материнской, а вторая — вновь синтезированной. Такой способ синтеза называется полуконсервативным .

«Строительным материалом» и источником энергии для репликации являются дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (АТФ, ТТФ, ГТФ, ЦТФ), содержащие три остатка фосфорной кислоты. При включении дезоксирибонуклеозидтрифосфатов в полинуклеотидную цепь два концевых остатка фосфорной кислоты отщепляются, и освободившаяся энергия используется на образование фосфодиэфирной связи между нуклеотидами.

В репликации участвуют следующие ферменты:

1. геликазы («расплетают» ДНК);
2. дестабилизирующие белки;
3. ДНК-топоизомеразы (разрезают ДНК);
4. ДНК-полимеразы (подбирают дезоксирибонуклеозидтрифосфаты и комплементарно присоединяют их к матричной цепи ДНК);
5. РНК-праймазы (образуют РНК-затравки, праймеры);
6. ДНК-лигазы (сшивают фрагменты ДНК).

С помощью геликаз в определенных участках ДНК расплетается, одноцепочечные участки ДНК связываются дестабилизирующими белками, образуется репликационная вилка . При расхождении 10 пар нуклеотидов (один виток спирали) молекула ДНК должна совершить полный оборот вокруг своей оси. Чтобы предотвратить это вращение ДНК-топоизомераза разрезает одну цепь ДНК, что дает ей возможность вращаться вокруг второй цепи.

ДНК-полимераза может присоединять нуклеотид только к 3"-углероду дезоксирибозы предыдущего нуклеотида, поэтому данный фермент способен передвигаться по матричной ДНК только в одном направлении: от 3"-конца к 5"-концу этой матричной ДНК. Так как в материнской ДНК цепи антипараллельны, то на ее разных цепях сборка дочерних полинуклеотидных цепей происходит по-разному и в противоположных направлениях. На цепи 3"-5" синтез дочерней полинуклеотидной цепи идет без перерывов; эта дочерняя цепь будет называться лидирующей . На цепи 5"-3" — прерывисто, фрагментами (фрагменты Оказаки ), которые после завершения репликации ДНК-лигазами сшиваются в одну цепь; эта дочерняя цепь будет называться запаздывающей (отстающей ).

Особенностью ДНК-полимеразы является то, что она может начинать свою работу только с «затравки» (праймера ). Роль «затравок» выполняют короткие последовательности РНК, образуемые при участи фермента РНК-праймазы и спаренные с матричной ДНК. РНК-затравки после окончания сборки полинуклеотидных цепочек удаляются.

Репликация протекает сходно у прокариот и эукариот. Скорость синтеза ДНК у прокариот на порядок выше (1000 нуклеотидов в секунду), чем у эукариот (100 нуклеотидов в секунду). Репликация начинается одновременно в нескольких участках молекулы ДНК. Фрагмент ДНК от одной точки начала репликации до другой образует единицу репликации — репликон .

Репликация происходит перед делением клетки. Благодаря этой способности ДНК осуществляется передача наследственной информации от материнской клетки дочерним.

Репарация («ремонт»)

Репарацией называется процесс устранения повреждений нуклеотидной последовательности ДНК. Осуществляется особыми ферментными системами клетки (ферменты репарации ). В процессе восстановления структуры ДНК можно выделить следующие этапы: 1) ДНК-репарирующие нуклеазы распознают и удаляют поврежденный участок, в результате чего в цепи ДНК образуется брешь; 2) ДНК-полимераза заполняет эту брешь, копируя информацию со второй («хорошей») цепи; 3) ДНК-лигаза «сшивает» нуклеотиды, завершая репарацию.

Наиболее изучены три механизма репарации: 1) фоторепарация, 2) эксцизная, или дорепликативная, репарация, 3) пострепликативная репарация.

Изменения структуры ДНК происходят в клетке постоянно под действием реакционно-способных метаболитов, ультрафиолетового излучения, тяжелых металлов и их солей и др. Поэтому дефекты систем репарации повышают скорость мутационных процессов, являются причиной наследственных заболеваний (пигментная ксеродерма, прогерия и др.).

Строение и функции РНК

— полимер, мономерами которой являются рибонуклеотиды . В отличие от ДНК, РНК образована не двумя, а одной полинуклеотидной цепочкой (исключение — некоторые РНК-содержащие вирусы имеют двухцепочечную РНК). Нуклеотиды РНК способны образовывать водородные связи между собой. Цепи РНК значительно короче цепей ДНК.

Мономер РНК — нуклеотид (рибонуклеотид) — состоит из остатков трех веществ: 1) азотистого основания, 2) пятиуглеродного моносахарида (пентозы) и 3) фосфорной кислоты. Азотистые основания РНК также относятся к классам пиримидинов и пуринов.

Пиримидиновые основания РНК — урацил, цитозин, пуриновые основания — аденин и гуанин. Моносахарид нуклеотида РНК представлен рибозой.

Выделяют три вида РНК : 1) информационная (матричная) РНК — иРНК (мРНК), 2) транспортная РНК — тРНК, 3) рибосомная РНК — рРНК.

Все виды РНК представляют собой неразветвленные полинуклеотиды, имеют специфическую пространственную конформацию и принимают участие в процессах синтеза белка. Информация о строении всех видов РНК хранится в ДНК. Процесс синтеза РНК на матрице ДНК называется транскрипцией.

Транспортные РНК содержат обычно 76 (от 75 до 95) нуклеотидов; молекулярная масса — 25 000-30 000. На долю тРНК приходится около 10% от общего содержания РНК в клетке. Функции тРНК: 1) транспорт аминокислот к месту синтеза белка, к рибосомам, 2) трансляционный посредник. В клетке встречается около 40 видов тРНК, каждый из них имеет характерную только для него последовательность нуклеотидов. Однако у всех тРНК имеется несколько внутримолекулярных комплементарных участков, из-за которых тРНК приобретают конформацию, напоминающую по форме лист клевера. У любой тРНК есть петля для контакта с рибосомой (1), антикодоновая петля (2), петля для контакта с ферментом (3), акцепторный стебель (4), антикодон (5). Аминокислота присоединяется к 3"-концу акцепторного стебля. Антикодон — три нуклеотида, «опознающие» кодон иРНК. Следует подчеркнуть, что конкретная тРНК может транспортировать строго определенную аминокислоту, соответствующую ее антикодону. Специфичность соединения аминокислоты и тРНК достигается благодаря свойствам фермента аминоацил-тРНК-синтетаза.

Рибосомные РНК содержат 3000-5000 нуклеотидов; молекулярная масса — 1 000 000-1 500 000. На долю рРНК приходится 80-85% от общего содержания РНК в клетке. В комплексе с рибосомными белками рРНК образует рибосомы — органоиды, осуществляющие синтез белка. В эукариотических клетках синтез рРНК происходит в ядрышках. Функции рРНК : 1) необходимый структурный компонент рибосом и, таким образом, обеспечение функционирования рибосом; 2) обеспечение взаимодействия рибосомы и тРНК; 3) первоначальное связывание рибосомы и кодона-инициатора иРНК и определение рамки считывания, 4) формирование активного центра рибосомы.

Информационные РНК разнообразны по содержанию нуклеотидов и молекулярной массе (от 50 000 до 4 000 000). На долю иРНК приходится до 5% от общего содержания РНК в клетке. Функции иРНК : 1) перенос генетической информации от ДНК к рибосомам, 2) матрица для синтеза молекулы белка, 3) определение аминокислотной последовательности первичной структуры белковой молекулы.

Строение и функции АТФ

Аденозинтрифосфорная кислота (АТФ) — универсальный источник и основной аккумулятор энергии в живых клетках. АТФ содержится во всех клетках растений и животных. Количество АТФ в среднем составляет 0,04% (от сырой массы клетки), наибольшее количество АТФ (0,2-0,5%) содержится в скелетных мышцах.

АТФ состоит из остатков: 1) азотистого основания (аденина), 2) моносахарида (рибозы), 3) трех фосфорных кислот. Поскольку АТФ содержит не один, а три остатка фосфорной кислоты, она относится к рибонуклеозидтрифосфатам.

Для большинства видов работ, происходящих в клетках, используется энергия гидролиза АТФ. При этом при отщеплении концевого остатка фосфорной кислоты АТФ переходит в АДФ (аденозиндифосфорную кислоту), при отщеплении второго остатка фосфорной кислоты — в АМФ (аденозинмонофосфорную кислоту). Выход свободной энергии при отщеплении как концевого, так и второго остатков фосфорной кислоты составляет по 30,6 кДж. Отщепление третьей фосфатной группы сопровождается выделением только 13,8 кДж. Связи между концевым и вторым, вторым и первым остатками фосфорной кислоты называются макроэргическими (высокоэнергетическими).

Запасы АТФ постоянно пополняются. В клетках всех организмов синтез АТФ происходит в процессе фосфорилирования, т.е. присоединения фосфорной кислоты к АДФ. Фосфорилирование происходит с разной интенсивностью при дыхании (митохондрии), гликолизе (цитоплазма), фотосинтезе (хлоропласты).

АТФ является основным связующим звеном между процессами, сопровождающимися выделением и накоплением энергии, и процессами, протекающими с затратами энергии. Кроме этого, АТФ наряду с другими рибонуклеозидтрифосфатами (ГТФ, ЦТФ, УТФ) является субстратом для синтеза РНК.

Перейти к лекции №3 «Строение и функции белков. Ферменты»

Перейти к лекции №5 «Клеточная теория. Типы клеточной организации»

РНК состоит из нуклеотидов, в состав которых входят сахар – рибоза, фосфат и одно из азотистых оснований (аденин, урацил, гуанин, цитозин). Образует первичную, вторичную и третичную структуры аналогично таким же у ДНК. Информация о последовательности аминокислот белка содержится в информационных РНК (иРНК, мРНК) . Три последовательных нуклеотида (кодон) соответствуют одной аминокислоте. В эукариотических клетках транскирибированный предшественник мРНК или пре-мРНК процессируется с образованием зрелой мРНК. Процессинг включает удаление некодирующих белок последовательностей (интронов). После этого мРНК экспортируется из ядра в цитоплазму, где к ней присоединяются рибосомы, транслирующие мРНК с помощью соединённых с аминокислотами тРНК.Транспортные (тРНК) - малые, состоящие из приблизительно 80 нуклеотидов, молекулы с консервативной третичной структурой. Они переносят специфические аминокислоты в место синтеза пептидной связи в рибосоме. Каждая тРНК содержит участок для присоединения аминокислоты и антикодон для узнавания и присоединения к кодонам мРНК. Антикодон образует водородные связи с кодоном, что помещает тРНК в положение, способствующее образованию пептидной связи между последней аминокислотой образованного пептида и аминокислотой, присоединённой к тРНК. Рибосомальные РНК (рРНК) - каталитическая составляющая рибосом. Эукариотические рибосомы содержат четыре типа молекул рРНК: 18S, 5.8S, 28S и 5S. Три из четырёх типов рРНК синтезируются в ядрышке. В цитоплазме рибосомальные РНК соединяются с рибосомальными белками и формируют нуклеопротеин, называемый рибосомой. Рибосома присоединяется к мРНК и синтезирует белок. рРНК составляет до 80 % РНК, обнаруживаемой в цитоплазме эукариотической клетки.

Функции: способность к самовоспроизведению, способность сохранять свою организацию постоянной, способность приобретать изменения и воспроизводить их.

10. Структура и свойства генетического кода

Генетический код – Определенный набор и порядок расположения аминокислот в пептидных цепях. В многообразии белков, существующих в природе, было обнаружено около 20 различных аминокислот. Для их шифровки достаточное количество сочетаний нуклеотидов может обеспечить лишь триплетный код, в котором каждая аминокислота шифруется тремя стоящими рядом нуклеотидами, из четырех нуклеотидов образуется 4 3 = 64 триплета. Из 64 возможных триплетов ДНК 61 кодирует различные аминокислоты; оставшиеся 3 получили название бессмысленных, или «нонсенс-триплетов». Они не шифруют аминокислот и выполняют функцию знаков препинания при считывании наследственной информации. К ним относятся АТТ, АЦТ, АТЦ.

Свойства генетического кода: вырожденность - явная избыточность кода, многие аминокислоты шифруются несколькими триплетами. Это свойство имеет очень важное значение, так как возникновение в структуре молекулы ДНК изменений по типу замены одного нуклеотида в полинуклеотидной цепи может не изменить смысла триплета. Возникшее новое сочетание из трех нуклеотидов кодирует ту же самую аминокислоту. Специфичность - каждый триплет способен кодировать только одну определенную аминокислоту. Универсальность - полное соответствие кода у различных видов живых организмов свидетельствует о единстве происхождения всего многообразия живых форм на Земле в процессе биологической эволюции. Непрерывность и неперекрываемость кодонов при считывании – последовательность нуклеотидов считывается триплет за триплетом без пропусков, при этом соседние триплеты не перекрывают друг друга, т.е. каждый отдельный нуклеотид входит в состав только одного триплета при заданной рамке считывания. Доказательством неперекрываемости генетического кода является замена только одной аминокислоты в пептиде при замене одного нуклеотида в ДНК.

Выделяют три основных типа РНК, различающихся по структуре, величине молекул, расположению в клетке и выполняемым функциям.

Рибосомные РНК (рРНК ) синтезируются в основном в ядрышке и составляют примерно 85% всех РНК клетки. Они входят в состав рибосом и участвуют в формировании активного центра рибосомы, где происходит процесс биосинтеза белка.

Транспортные РНК (тРНК) образуются в ядре на ДНК, затем переходят в цитоплазму. Они составляют около 10% клеточной РНК и являются самыми небольшими по размеру РНК, состоящими из 70- 100 нуклеотидов. Каждая тРНК присоединяет определенную аминокислоту и транспортирует ее к месту сборки полипептида в рибосоме.
Все известные тРНК за счет комплементарного взаимодействия образуют вторичную структуру, по форме напоминающую лист клевера. В молекуле тРНК есть два активных участка: триплет-антикодон на одном конце и акцепторный конец на другом

Информационные, или матричные, РНК (иРНК) составляют около 5% всей клеточной РНК. Они синтезируются на участке одной из цепей молекулы ДНК и передают информацию о структуре белка из ядра клеток к рибосомам, где эта информация реализуется. В зависимости от объема копируемойинформации молекула иРНК может иметь различную длину.

Таким образом, различные типы РНК представляют собой единую функциональную систему, направленную на реализацию наследственной информации через синтез белка.

Мобильные генетические элементы – транспозрны, ретротранспозоны.

Транспозоны (англ. transposable element, transposon ) - это участки ДНК организмов, способные к передвижению (транспозиции) и размножению в пределах генома . Транспозоны также известны под названием «прыгающие гены» и являются примерами мобильных генетических элементов.

Транспозоны формально относятся к так называемой некодирующей части генома - той, которая в последовательности пар оснований ДНК не несёт информацию об аминокислотных последовательностях белков, хотя некоторые классы мобильных элементов содержат в своей последовательности информацию о ферментах, транскрибируются и катализируют передвижения, например, ДНК-транспозоны и ДДП-1 кодируют белки транспозаза, БОРС1 и БОРС2. У разных видов транспозоны распространены в разной степени: так, у человека транспозоны составляют до 45 % всей последовательности ДНК, у плодовой мухи Drosophila melanogaster часть мобильных элементов составляет лишь 15-20 % всего генома . У растений транспозоны могут занимать основную часть генома - так, у кукурузы (Zea mays) с размером генома в 2,3 миллиардов пар оснований по крайней мере 85 % составляют различные мобильные элементы .

Ретротранспозоны - это мобильные генетические элементы, которые применяют метод «копировать и вставить» для распространения в геноме животных . По крайней мере 45 % генома человека составляют ретротранспозоны и их производные. Процесс передвижения включает промежуточную стадию молекулы РНК, которая считывается с участка ретротранспозона и которая затем, в свою очередь, используется как матрица для обратной транскрипции в последовательность ДНК. Новосинтезированный ретротранспозон встраивается в другой участок генома.

Морфозы. Приведите пример морфоза у человека.

.Морфозы - это изменения фенотипа вследствие реакции организма на факторы внешней среды, которым особи в нормальных условиях жизни подвергаются редко или вообще не подвергаются: обычно организм к таким воздействиям не адаптируется. Типичныеморфозы связаны с воздействием различных химических веществ (хемоморфозы) или радиацией (радиоморфозы).

Пример: всякие разные уродства,шрамы.
228.Полная и неполная пенетрантность гена. Приведите примеры.

Пенетрантность - понятие из области генетики популяций. Показатель фенотипического проявления аллеля в популяции

Пенетрантность определяется по проценту особей в популяции, имеющих мутантный фенотип. При полной пенетрантности (100%) мутантный ген проявляет свое действие у каждой особи. Пример: фраза «аллель A обладает пенетрантностью 95 %» означает, что из всех особей, у которых данный аллель имеется в необходимом числе копий, лишь у 95 % наличие этого аллеля можно установить по показателям фенотипа. Полная пенетрантность - это 100 % фенотипическое проявление наличия данного аллеля в пределах популяции.

При неполной пенетрантности (меньше 100%) ген проявляется фенотипически не у всех особей. Так, у мышей известна рецессивная мутация изогнутости хвоста, называемая "поросячий хвост".

Лайонизация. механизм и биологическое значение лайонизации.

Во всех клетках женского организма одна из хромосом Х отключена или «подавлена». Этот процесс называется «лайонизацией» по имени Мэри Лайон, которая впервые его описала. Лайонизация - это беспорядочный, ещё не полностью понятый процесс. Если выключенная хромосома имеет измененный ген, эта клетка будет производить фактор свертывания. Если выключена хромосома с нормальным геном, то эта клетка либо не будет производить фактор свертывания, либо производимый ею фактор будет с нарушенной функцией. В среднем у носителей гемофилии вероятность иметь нормальное количество фактора свертывания составляет приблизительно 50%, поскольку примерно в половине их клеток «хороший» ген будет выклю- чен. У некоторых носителей уровни фактора свертывания намного ниже, поскольку у большей части их хромосом Х нормальный ген выключен

Характеристики модификационной изменчивости.

Модификационная (фенотипическая) изменчивость - изменения в организме, связанные с изменением фенотипа вследствие влияния окружающей среды и носящие, в большинстве случаев, адаптивный характер.

Характеристика:

· обратимость - изменения исчезают при смене специфических условий окружающей среды, спровоцировавших их

· групповой характер

· изменения в фенотипе не наследуются, наследуется норма реакции генотипа

· статистическая закономерность вариационных рядов

· затрагивает фенотип, при этом не затрагивая сам генотип.

Генетический груз» в человеческих популяциях.

Так же как и в популяциях других организмов, наследственное разнообразие снижает реальную приспособленность популяций людей. Бремя генетического груза человечества можно оценить, введя понятие летальных эквивалентов. Считают, что число их в пересчете на гамету колеблется от 1,5 до 2,5 или от 3 до 5 на зиготу. Это означает, что то количество неблагоприятных аллелей, которое имеется в генотипе каждого человека, по своему суммарному вредному действию эквивалентно действию 3-5 рецессивных аллелей, приводящих в гомозиготном состоянии к смерти индивидуума до наступления репродуктивного возраста.

При наличии неблагоприятных аллелей и их сочетаний примерно половина зигот, образующихся в каждом поколении людей, в биологическом плане несостоятельна. Такие зиготы не участвуют в передаче генов следующему поколению. Около 15% зачатых организмов гибнет до рождения, 3 - при рождении, 2 - непосредственно после рождения, 3 - умирает, не достигнув половой зрелости, 20 - не вступают в брак, 10% браков бездетны.

Неблагоприятные последствия генетического груза в виде рецессивных аллелей, если они не приводят к гибели организма, проявляются в снижении ряда важных показателей состояния индивидуума, в частности его умственных способностей. Исследования, проведенные на популяции арабов в Израиле, для которой характерна высокая частота близкородственных браков (34% между двоюродными и 4% между дважды двоюродными сибсами), показали снижение умственных способностей у детей от таких браков.

Исторические перспективы человека в силу его социальной сущности не связаны с генетической информацией, накопленной видом Homo sapiens в ходе эволюции. Тем не менее человечество продолжает «оплачивать» эти перспективы, теряя в каждом поколении часть своих членов из-за их генетической несостоятельности.

Обратная транскрипция.

Обратная транскрипция - это процесс образования двуцепочечной ДНК на основании информации в одноцепочечной РНК. Данный процесс называется обратной транскрипцией, так как передача генетической информации при этом происходит в «обратном», относительно транскрипции, направлении

Ретротранспозоны. Эукариотические мобильные элементы, транспозиция которых происходит при транскрипции или обратной транскрипции, называются ретротранспозонами. Они содержат центральный сегмент, кодирующий среди других белков обратную транскриптазу. У некоторых ретротранспозонов, называемых здесь транспозонами класса I, этот центральный сегмент окружен длинными концевыми повторами (LTR). У ретротранспозонов класса I на одном из концов имеются также короткие инвертированные повторы. По своей структуре, особенностям транскрипции и механизму транспозиции они напоминают ретровирусные провирусы. Отличие состоит в отсутствии жизнеспособных внеклеточных форм. Семейства ретротранспозонов обнаружены у разных беспозвоночных, в частности у дрожжей и Drosophila, а также у растений и некоторых млекопитающих.